یک تیم به رهبری محققان دانشگاه تورنتو پلتفرمی به نام SIMPL2 ایجاد کرده اند که مطالعه برهمکنش های پروتئین-پروتئین را با ساده سازی تشخیص و در عین حال بهبود دقت اندازه گیری بهبود می بخشد.
برهمکنشهای بین پروتئین‌ها نقش مهمی در فرآیندهای بیولوژیکی، از جمله آنهایی که در بیماری نقش دارند، بازی می‌کنند. تیم پشت پلت فرم SIMPL2 آن را برای بهینه سازی توانایی محققان برای اندازه گیری تعاملات پروتئین-پروتئین برای درمان های دارویی هدفمند طراحی کرد. در حالی که قبلاً فعل و انفعالات پروتئین-پروتئین با استفاده از مولکول‌های کوچک «غیرقابل درمان» در نظر گرفته می‌شد، این پلتفرم با تسهیل اندازه‌گیری این برهم‌کنش‌ها به این چالش می‌پردازد – درک ما از انواع مولکول‌های مورد نیاز برای کنترل آنها را بهبود می‌بخشد.
ژونگ یائو، نویسنده اول این مطالعه و همکار ارشد U of T’s Donnelly Center گفت: «روش‌های زیادی برای اندازه‌گیری برهمکنشهای بین پروتئین‌ها ایجاد شده‌اند، به‌ویژه اخیراً که اهمیت برهمکنشهای پروتئین در بیماری آشکارتر شده است». تحقیقات سلولی و زیست مولکولی.
“با این حال، همه این روش ها دارای کاستی هایی هستند، از جمله هزینه های بالا و روش های پیچیده که نتایج را به تاخیر می اندازد. بزرگترین مزیت پلت فرم SIMPL2 ما این است که اندازه گیری های قابل اعتمادتری تولید می کند و استفاده از آن نسبتاً ارزان تر است.”
این مطالعه اخیراً در مجله Molecular Systems Biology منتشر شده است.
Yao همزمان با توسعه سیستم اصلی SIMPL (Split-Intein Medicated Protein Ligation) کار بر روی مسئله اندازه گیری تعامل پروتئین را آغاز کرد. SIMPL2 به روز رسانی SIMPL است که شامل استفاده از آنزیم اسپلیت لوسیفراز برای تشخیص فعل و انفعالات پروتئین از طریق لومینسانس است. علاوه بر بهبود شناسایی برهمکنش ها، کل فرآیند اندازه گیری از طریق یک رسانه انجام می شود: مایع. این امر با کاهش تعداد مراحل مورد نیاز برای انجام اندازه‌گیری‌ها، فرآیند را به طور قابل ملاحظه‌ای ساده می‌کند.
“یکی از مشکلات SIMPL این بود که ما مجبور بودیم از یک فرآیند اضافی به نام ELISA برای شناسایی پروتئین های متصل شده توسط پلت فرم SIMPL استفاده کنیم.”